Честно скажу, что плохо разбираюсь в Расширенной Вселенной, так что аргументы просто с позиции здравого смысла:
1) А как Джанго уцелел? Не может быть, что он был где-то в командировке и всех мандалорцев покрошили без него? То есть лично на поле боя он с Дуку не встречался, а оттого и узнать его не мог. (Сомневаюсь, что портреты главджедаев в газетах печатали.) Или смежный вариант: Дуку именно что командовал, а непосредственно в драке участвовали джедаи попроще, Джанго видел только их.
2) В таком изложении действительно звучит анекдотично. Но если представить, что это всё было не одномоментно... Он разобрался в истории, пришёл к выводу, что джедаев тупо использовали и не в них корень зла (или ему помогли прийти к такому выводу). Потом ещё возможно за свою жизнь насмотрелся на таких, кто ставил месть выше разума. Ну и когда после всего этого узнал, что Дуку рядом... решил, что пользы от него побольше от живого.