Во-первых эти тела были не Учиха. Но они, вроде, были совместимы с любым геномом. Орыч просто пробовал ввести им геном, добытый с Итачи. И прямым текстом говорил, что хотел себе такую способность, но не получилось (т.е. просто вселиться было нельзя, видимо). Мангекъё у них не было, как получить МШ Орыч смог понять сильно позже, как только он это сделал, Шин от него и сбежал, надо полагать при помощи ПВТ. А вот откуда он первоначально взял эти шаринганы я понял. Из глаза что ли в них превратились? Тогда ваще чит, однако. Хотя может от Данзо, а потом уже с клонами расклонировал.
Насчет того, что Саске из основной ветви вы знаете, что лично у меня железобетонная уверенность у том, что Микото его на стороне нагуляла. А вот план у Орыча действительно, вышел не очень. Хотя Данзо должен был знать об этой проделке, но наплевал.