Если совет не спасать, а сохранить флот - то в третьей части игры будет больше очков боеготовности у Альянса. Но, эти очки легко компенсируются одним убер-кораблем совета. Так что разницы особо никакой, кроме отыгрыша. В зависимости от характера очередного Шепарда делала и так и этак. Но если спасать флот и забить на совет, лулзов будет побольше. Хотя бы потому, что инопланетяне на протяжении двух последующих частей весьма доставляют своей чистой, незамутненной ненавистью.