Вставлю свои пять копеек:
Для начала, применю общепринятое правило научной фантастики, а именно, "всё также, как в реальности, если обратного не указано". Хорошо помогает не запутаться. Соответственно, буду считать, что физику и химию магия не отменяет, а дополняет. Иначе мир банально не смог бы нормально существовать, про самих магов вообще молчу. Выводы:

1)Трансфигурированное нечто, не содержащее собственный источник магии, будет преобразованным только до того момента, пока не кончится вложенная энергия. Что зависит как от мага, так и от материала. Принципиальная обратимость трансфигурации (то есть, если Малфоя трансфигурировать в рандомного хорька, то при обратном преобразовании получается всё равно получается вполне конкретный Малфой, а отнюдь не рандомный) показывает, что полного преобразования не происходит, и свойства объектов не меняются, а временно подменяются.

2)Плюс ко всему, полученный результат является нестабильным (как вариант, магоконструкт, поддерживающий новые свойства можно банально "выбить" случайным или неслучайным заклинанием). И не воспроизводит объект с точностью до последнего нейтрона (или какого-нибудь "магона"), а лишь имитирует его "потребительские" свойства до определённого уровня. Есть варианты с жёсткой и надёжной привязкой магоконструкта и внедрения питающих контуров (то есть, создание артефакта типа псевдоживой "Чудовищной Книги") - но это явно не для средних умов, сильно зависит от материалов, да и дело это явно не минутное. Плюс, повреждение предмета повредит и внедрённый магоконструкт, так что закрепить трансфигурацию скорее всего, возможно - но разбив "закреплённую" трансфигурированную вазу - явно получишь не осколки вазы, а изначальный материал. В теории, конечно, можно и чары сохранности/автоматического восстановления прицепить... Но если бы не существовало ограничений на внедрение функций в артефакт - все бы таскались с какими-нибудь "универсальными боевыми и защитными зажимами для галстуков", заменяющими одновременно танк и больничку.

3) Анимагию "держит" магия самого анимага, как и хвост Дадли - родня Лили, однако, так что его "сквибность" можно предположить без издевательств над птицами при помощи наглядных пособий (часть присущих магам свойств сквибам таки доступна,то есть, магия у них имеется). То, что оный хвост не пропал сам, как и случай с Гермионой, кстати, можно списать на переклинивание потенциальной аниформы, которая, судя по всему, сильно зависит от характера, и в данных случаях - очень даже оному соответствует. А вот Малфой на хорька ни разу не тянет, и полагаю, те, кто держал хорьков или просто знаком с этими зверушками - со мной согласятся. Соответственно, никакой поддержки образа "внутренним принятием" не произошло, и расколдовали его легко.

4) Умножение еды, как вариант - доставка и соединение соответствующих атомов/субатомных частиц по заданному образцу (мало ли в Бразилии Педро... То есть, углерода в мире. А субатомная телепортация - так вообще, вовсе даже не магия, а вполне себе наука.), причём, не совсем чистая доставка и не совсем точное преобразование, и умножив еду n раз можно случайно получить яд - малое изначальное количество случайно полученного токсина будет копироваться уже в качестве образца.

5) С локальным пространством маги обращаются весьма вольно, так что вопрос сохранения веса и объёма малоактуален - правда, добавит лишней сложности, так что преобразовывают обычно всё-таки близкие по массе предметы. И да, мир и в реальности ни разу не трёхмерный, а зверски издеваться над Ньютоном начал ещё Эйнштейн, растолковавший, что впихнуть невпихуемое таки можно. Про квантмех и всяких супермузыкантов с суперструнами - вообще только на ушко и шёпотом, ибо есть подозрения, что угловая скорость вращения в горбу уже не только Ньютона, но и самого Эйнштейна, может превысить скорость света, а юзать покойников для наглядного опровержения их теорий - как минимум, аморально. Но уже совершенно очевидно, что если что-то не вписывается в теории Ньютона и Эйнштейна - это не какое-то там "противоречие с наукой", а всего лишь обозначились очередные границы применимости очередных теорий.

6) С пропавшими костями и с чистящими заклинаниями - куда логичнее предполагать не "постоянную трансфигурацю в ничто", а банальное выкидывание куда-то. Косяк Лоха в том, что попытка переместить сломанную кость в нормальное положение и наложить магическую шину обернулась перемещением кости в неизвестном направлении.

7) Репаро и подгонка одежды, похоже, тоже пространственно-преобразующие по заданному образцу заклинания. Соответственно, драную и потёртую мантию отрепарить нереально, зато можно подогнать - в разумных пределах, само собой.
Имею Мнение Хрен Оспоришь, что мантия первокура, подогнанная на Хагрида, станет прозрачной и расползётся при попытке надеть, а Хагридова на первокуре, соответственно, станет брезентом.

8) Полностью отделять трансфигурацию от чар - примерно то же самое, что полностью отделять геометрию от математики или физику от химии, то есть, своя специфика присутствует, конечно, но не более того. Соответственно, на чарах даются основы манипуляции предметами как единым целым, а на трансфигурации - основы работы с внутренними свойствами предметов, но пересечения направлений будут по-любому, так как это всё же практические уроки, а не отвлечённая теория.

9) Полностью 100%-ной эффективности заклинаний добиться нереально в принципе, всегда будут какие-то потери, неточности и помехи, соответственно, сто раз подогнанная мантия или банально расползётся, или будет напоминать пресловутый Тришкин кафтан, а сто раз отрепаренная килограммовая ваза прилично похудеет.

10) В каноне с теорией магии вообще беда, и многие маги несут очевидную ересь, которая, тем не менее, считается общепринятой. Так что их слова не следует априори считать абсолютной и буквальной истиной. Как пример - те же дементоры, которые, якобы, жрут положительные эмоции (ага, а мой комп тогда жрёт биты и байты запущенных программ), хотя если бы это было так, то патронус был бы им заместо тортика. Логичнее предположить, что жрут они просто энергию, пользуясь при этом ментальной атакой с целью вызвать максимальный выброс этой самой энергии (что и обеспечивается индуцируемыми отрицательными эмоциями), а зверски фонящий в ментальном диапазоне (да ещё и в противофазе) патронус воспринимается ими как мощная сирена над ухом. Но Люпин, тем не менее, говорит про высасывание эмоций (а точнее, как по мне - довольно абстрактных понятий) - и либо он - полный кретин, в упор не желающий понимать, что дети подобные иносказания не воспринимают, либо он бездумно цитирует какого-то древнего автора, чьи иносказательные слова из-за деградации магического сообщества стали воспринимать буквально и некритично (как бред Аристотеля в средние века). Второе представляется намного более вероятным - любили раньше подобным стилем выражовываться.
Соответственно, реальные ТТХ магических манипуляций тоже можно определять только по самим магическим манипуляциям и области их практического использования, а никак не по тому, как оные характеристики описывают... Кхм... Или не описывают... Сами маги.
Тогда и дыр в каноне становится заметно меньше, и маги из полубогов-идиотов превращаются в деградировавших и малость поехавших крышей, но всё-таки обычных людей, получившие необычные и довольно полезные, но отнюдь не божественного класса, возможности.

Вот как-то так в первом приближении.