А я в яндексе, например, пользуюсь только поиском, поиском по картинкам и почтой - нафига там все остальное? О_о выпилить нафиг!!!
А в гугле пользуюсь только адсенсом и поиском иногда - тоже выпилить все остальные десятки сервисов!
Или вот на livelib.ru я пользуюсь только списком прочитанных книг и страницами конкретной книги, а там еще какие-то отзывы, цитаты, записи, форумы, конкурсы, дневники...

Если же по существу:
1. Все видят дублирование ссылок главная и новости, но никто не смотрит почему-то, например, на страницу фанфика (а страница какого-либо фанфика просматривается в сутки 80 000 раз, в три раза больше, чем новости и главная в сумме). Там уже нет никакого дублирования, зато есть возможность вернуться на главную ИЛИ на новости, смотря что вам нужно. Причем именно с мобильного это наиболее важно, так как предыдущее выпадающее меню с мобильного работало медленно и с рывками.
Слышу предложения сделать разное меню для разных разделов так, чтобы дублирования все же не было - поверьте моему опыту, если от раздела к разделу, главное меню будет изменяться, все взвоют и побегут с сайта, где "постоянно не знаешь, куда нажимать, все меняется и прыгает".
2. Сообщение админа - это временный блок, который добавляется только при появлении новой важной для всех пользователей информации, причем после прочтения его можно скрыть.
3. Про поиск, честно говоря, даже не смешно. Поиска на сайте два - по категориям, где можно искать только фанфики, и по текстовой строке, где можно искать фанфики (по названию либо по автору) и пользователей по имени. На страницы поиска можно попасть по прямым ссылкам, а можно с форм быстрого поиска. Все просто, логично и, между прочим, пользуется спросом у пользователей.