Касательно смерти Николаса Фламеля: вспоминаем, в "ГП и ФК" Дамблдор говорит Поттеру, что они с Фламелем решили уничтожить камень. Пацан конечно ему верит, но... вспомним, что Дамби подвержен соблазнам, таким как, например, надеть себе на палец чужое кольцо. Такой мог и себе камешек оставить, ну или припрятать где-нибудь в Хоге. Вещь-то редкая, уничтожать жалко.