Кажется, дело в том, что в поместьях, где они живут, из поколения в поколение накапливается магия, которая якобы проявляется в потомках. А у магглорожденных нет такого источника.
Правда, в книгах вроде сказано, что магия волшебника зависит от силы его духа, поэтому не думаю, что какая-то разница существует. Это же один из главных посылов книги.