О!!! O_O
А что если вот это funny/забавно относится не к тому, что "я скучаю", то есть не Забавно (странно), но я скучаю по этому козлу. А на самом деле funny относится к истории про пакмара! И время! Время глагола did не совпадает со временем we have been through! То есть между ними нельзя поставить союз и! Это не синонимы и смысл не: после всего через, что мы прошли, и после всего, что он сделал!
А смысл такой на самом деле: Забавно... Но после всего через, что мы прошли (к тому времени), все, что Лондо делал... (когда пакмара пели, это стоял не в силах уйти, и слушал, не в силах сдержать слезы). Ну и уже отдельно, не относясь к забавно - Я скучаю по нему.

То есть смысл таков: Забавно, но такие вот существа, как пакмара, оказывается могли петь так, что после всего, через что мы прошли, все что Лондо делал (это стоял не в состоянии оторваться и слушал, не в силах сдержать слезы) Я скучаю по нему.