Да, я бы тоже сказала, что пай с моей точки зрения логичен, напрашивалось, что это классическая пара герой-героиня, которые спасают мир.
Имхо в ситуации, когда Рон ушел, Гермиона по другому поступить не могла, только остаться с Гарри. Иначе это уже не Гермиона будет.