Пограничники в поезде с автоматами - это нормально. По Транссибу многие поезда до сих пор через Казахстан 4 часа идут. Сперва проходят русские пограничники и таможенники, потом казахские, снова казахские, опять русские. Там за эти годы всякое было - и дядьки с автоматами, и досмотры вещей (прощупывание всех полок и зауглов вагона), и собачки. Когда строже, когда свободнее. Транзитникам проще, их особо не смотрят, только въезжающих/выезжающих.
А в Литве, помнится, в 90е поезда на огороженные пути загоняли. И тоже дядьки с автоматами.