fb2 - если собираюсь только читать с электронной книги
txt - если кроме электронной читалки, собираюсь работать с текстом за компом (сюда идет, например, оформление тех фандомов на фанфиксе, где канон - книги)
djvu - если кроме текста, важны и остальные составляющие книги (формулы, таблицы, иллюстрации и др.)
pdf - недолюбливаю, но иногда нет выбора