Синифаз Аграфский
Потому что к иностранным сайтам типа ФФН помянутого ТС, а также нежно любимой мною Королевской Дороге, а также блогам на вордпрессе, а также к wuxiaworld все конверторы конвертят именно в епаб. А местечковый фб2 от диких русских на медведях и в ушанках авторы конвертеров не знают.
Для читалки, разумеется, разницы нет - все читалки что я видел, понимают оба формата. Нет ни недостатков, ни преимуществ.
Хотя нет. Есть. епаб - это зип сам по себе, внутри контейнера хмл+картинки. фб2 - хмл, который в фб2.зип можно упаковать. Но все равно епаб будет меньше, т.к. картинки не надо кодировать в base64 или во что там его заворачивают?

Я использую следующее:
http://fanficfare.appspot.com/ - универсальный конвертер кучи всего.
https://chrome.google.com/webstore/detail/webtoepub/akiljllkbielkidmammnifcnibaigelm - плагин к хрому (на мобиле есть для Огнелиса), может и вордпрессовские блоги и вообще "всё, у чего есть оглавление или можно скормить список ссылок на главы".