Есть сценарный софт Кит-сценарист. Там, конечно, все заточено под сценарии, и их там писать вообще очень удобно, но и для прозы многое можно использовать.
Новую версию обещают сделать более универсальной, что бы и пьесы в нем можно было писать и прозу, но не знаю, когда этого ждать.