Думаю, что они только якоря. А притягивается к ним "основная душа" (с насколько доступной памятью - вопрос). Тогда над дневником был тот же призрак, что и улетел от Квиррелла.
А вот потом, когда Волдя возродился, он действительно не знал, что происходит с хоркруксами. И это как раз понятно - душа уже была "при деле" и к якорям не притягивалась. Остается только случай с медальном в последней книге. Но можно предположить, что и там подчиняла основная душа (например, когда Волди спал).
Как то так думается...