1) Насколько я понимаю чакра биджу (содержащая его волю) стремится придать джинчурики форму зверя и при этом регенерирует повреждения несоотвествующие форме расходуя уже жизненные силы носителя.
Также есть такая тема, что сама чакра Курамы обладает неким свойством ян, жизненной силой. Видимо это её свойство, помимо элемента ветра. И способна частично подпитывать носителя.
Наконец уже конкретно у Наруто "есть ещё одна регенерация", его клетки (с детства) сами по себе безо всякой чакры регенерируют (эта регенерация тела продолжается даже после окончательной смерти, так он смог ожить после удара Кабуто, который разрубил ему сердце). Называется "тело мудреца", Saisei Nōryoku и т.д. Это мутация не являющаяся улучшенным геномом, скорее аналог изменений тела у некоторых шиноби типа акулоподобного Кисаме. Скорее всего она произошла как воздействие силы Кьюби начиная с того момента когда Кушина была им беременна и заканчивая запечатыванием онового в Наруте с детства.
Но почему регенерации Наруто не хватает чтобы регенерировать конечность - так сразу не берусь устанавливать. Однако Мадара, также обладающий такой клеточной регенерацией, тоже руку не восстановил, а пересадил себе от Зецу. Обито несколько раз терял обе руки и тоже, кажется, пересаживал, а не отращивал.

2) Минато при помощи Шинигами запечатал в себе половину Курамы, инь-чакру, а в Наруто ян-чакру. Об этом говорится как в манге, так и в каноне. Но почему он так сделал и что это вообще дало - канон молчит как рыба об лёд. После запечатывания та половина что была в Наруто инь-чакру использовать не разучилась (биджудама).

Поскольку Шинигами запечатывает на душу своих жертв (а на их теле печать только отражается), а затем поглощает их, так что душа Минато с печатю и всем её содержимым, а также половиной Курамы попали в желудок шинигами, где были обречены противостоять друг другу, пока их не выпустили. По этой же причине когда Наруто умрёт, то вторая половина Курамы и части всех остальных биджу попадёт туда же куда и он. Если Наруто попадёт в чистый мир (скорее всего души там подвергаются забвению) то части биджу также будут там (ничего не способные сделать или чувствовать) до тех пор пока его душа не умрёт, либо его кто-нибудь не воскресит.

Трёххвостый не реинкарнировал. По словам туманинов его можно было извлечь из тела Рин после смерти. Если Обито оставил её, то они могли найти её труп и извлечь из неё биджу, запечатав в Ягуру. Кагура никогда джинчурики не был т.к. родился уже после потери Трёххвостого.

Судя по словам Джирайи возрождение биджу занимает три года, т.к. он говорил именно на этот срок Акацки почему то заткнулись. А такое возможно было только в том случае если Ягура умер и Трёххвостый как-то попал на перерождение. Не знаю почему он умер, новелла говорит что его случайно(!) убил Ао, бред. Теория что его убил сам Обито, чтобы остановить сбор биджу тоже несостоятельна т.к. вряд ли он не знал о том, что Итачи и Кисаме задолго до этого отправились в Коноху за Наруто: хотел бы их остановить таким способом, имел бы время сделать это вовремя, а не с громадным опозданием. Так что скорее всего Ягуру убили шиноби своей же деревни (сделав это крайне неаккуратно так что биджу сохранить не удалось), когда обнаружили что он был под контролем.