Гарри - это именно ощущения животного, причем низкоорганизованного (пресмыкающиеся по классификации стоят ниже, чем млекопитающие, например). Так что душа и сознание Нагини-змеи никуда не делись. Но если задаться вопросом, что стало с душой Нагини-женщины - то крестражем она стала в 1994 году, а до этого много лет прожила запертой в теле змеи. Это в любом случае не могло пройти без последствий, невозможно было ей остаться той же "милой и доброй азиаточкой". Такое и представить-то себе жутко.