А тут есть выбор?

В гарем - это означает бесчестье на всю жизнь, да и прислуживать врагу, который отнял у тебя честь до смерти - это не жизнь. Еще бы рабом предложил стать, а евнух хуже раба.
Кастрация - тоже позор, обратно можно уже не возвращаться, не примут. Восстание тоже не получится поднять - никто не поверит человеку, выбравшему кастрацию. Да и жить всю оставшуюся жизнь как кастрат такое себе.
Ослепление - ну если командир богатый человек, то это еще сносно, но не видеть - это одно из худших страданий и опять-таки, это пожизненно.

Поэтому казнь выглядит более лучшим выбором на фоне всего остального.