Окончание -и в именительном падеже множественного числа появилось из формы двойственного числа одного из подвидов склонения на *ŏ, потому что очевидно, что коленки обычно встречаются парами, а не в большем количестве. То же самое, например, со словом уши.

(Ой, извините, я как-то очень криво поняла вопрос)