Думаю наиболее реалистичной была бы цифра порядка более 100 000 человек. Если бы Коноха была бы слишком большой, она бы не могла без транспорта ведь в ней живут обычные люди. А если слишком маленькой, тогда не могла бы быть пригодна для проживания такого количества шиноби? Шиноби там живёт думаю тысяч под 20 если иметь в виду как тех кто ходят на миссии, так и тех кто подлежит мобилизации. Тех кто совсем не подлежит мобилизации, с концами по той или иной причине ушли со службы я не считаю.