Виктор Некрам, программа любопытная, но проблема в том, что оно должно быть стабильным в далёкой перспективе, которой у меня пока нет. :(
Но пока уже удобней, чем простой список и папки.

Ногa, создаёте заметки с концепциями и соединяете их с другими заметками через ссылки, как в интернете. Периодически создаёте заметки с "содержанием" для навигации.
А так обычная программа для текста.