Если бы джедаи боялись кого-то убить, то вообще бы не покидали стен ордена. Убивали, и не мало, совесть потом не мучила.
Но Энакин ведь не только мужиков тускенов порубил, он убил и женщин с детьми. А у вас какая-то крайность, либо убивать всех подряд либо не убивать вообще и уйти.
И опять же, Палыч поймал на крючок Энакина не за убийства, а за желание любой ценой не потерять Падме. Вот это любой ценой и сыграло с ним злую шутку.