На вики ни одной подтверждающей ссылки на канон. Именно поэтому лично я предпочитаю hp lexicon.
Ладно, похоже, в данном вопросе поможет великая сила Авторского Произвола. Нагини будет черненькой, под цвет метки на руке. Или зелененькой, под цвет метки на небе...