Свидетельства? "Не нравится" ему Гермиона лично потому что она Поттеровский Лупин. Не потому что умная, а потому что:

1. Помогает козлу Поттеру (то что Снейп воспринимает Гарри как кальку Джеймса, таки да, проблемно - но с учётом того что таке делают ВСЕ в книгах - Сириус, учителя, итд..., не Снейпова личная проблема)

2. Украла ингридиенты во втором классе

3. Гриффиндорка (не обязательно в том порядке). Есть какие-то свидетельства что он не так относился к Равенкловцам? Нет.

4. И вообще, кроме этой сцены, есть свидетельства что ему "не нравится" именно Гермиона? Потому что если нет, то более адекватный анализ был бы "эта непонятно кто наехала на моего крестника, конечно я на стороне крестника".