Насколько я понял, извлекается дубликат, но... он, так сказать, как раз и несет в себе эмоциональную окраску.
Дамблдор говорил, что извлекает свои мысли, чтобы смотреть на них в Омуте памяти "со стороны". Снейп же, могу предположить, извлекал болезненные для него воспоминания не потому, что после этого их в его голове не осталось _вообще_, а потому, что они по эмоциональному фону сравнялись с "проснулся, выпил кофе, встал к котлу". Т.е. обычная бытовуха, которую легилименту нащупать в голове непросто - за несколько десятков прожитой жизни такое прессуется в целый рулон туалетной бумаги. Первыми обнаруживаются самые яркие воспоминания - самые счастливые или самые болезненные. А вот такие, из которых "все краски вынули", сливаются с общим фоном.

Ну, это мое имхо такое ) Потому что если в Омуте Памяти просто дубль - то тогда Снейпу не было нужды вынимать воспоминания. А если они при изъятии забываются вообще, то как тогда помнить, что ты что-то из своей головы вынимал?