Думаю, в ЗАГСе просто переспрашивают на всякий случай, а то мало ли. Народ там при запросах наверняка часто путается и ошибается, так что "двоюродный дед" на деле может оказаться как троюродным, так и вообще каким-нибудь третьим мужем двоюродной бабки.