Обозвать первую версию Route A, последующие делать только из измененных глав и называть дальше по алфавиту B, C, D, все такое, а в конце сделать секретную концовку, в ней все концовки связать через мультивселенные, запилить комедийный кроссовер между ними, где все учатся в одной японской школе...
Кхм, короче гляньте чо там у японцев в визуальных новеллах к примеру, они любят разные концовки.