Школьный поезд - это традиция. Организовать какой-нибудь министерский портключ с вокзала или вовсе рассылать его по домам - да ладно, были бы проблемы, доплатить Дамблдору, он наклепает их за пять минут. Дело не в удобстве, а именно в традиционности добираться поездом.