Бейлор Таргариен, благочестивый король-септон, взошёл на трон в 161 году от З.Э. Вскоре после коронации он решил возвести на холме Висеньи новый, ещё более грандиозный храм, который он будто бы узрел в ниспосланном свыше видении[10]. Король, умерший в 171 году от З.Э., не успел увидеть Великую септу законченной. Вероятно, старое здание снесли в 60-х годах II века от З.Э., чтобы освободить место для строительства Великой септы, однако фундамент, подземные кельи и склепы могли остаться в целости.

Со времён Бейлора Благословенного Великая септа также стала резиденцией верховного септона вместо Звёздной септы в Староместе. Этот перенос, вероятно, был связан со смертью предыдущего главы церкви; король Бейлор начал сам указывать церковникам, кого выбрать, ссылаясь на будто бы открывшуюся ему волю богов. Таким образом во главе церкви оказывались простые жители Королевской Гавани — сначала неграмотный каменотёс, потом восьмилетний мальчик[10].

При преемниках Бейлора Великая септа была достроена и окончательно укрепилась в своём статусе главного храма страны. В 186 году от З.Э., когда Дорн вошёл в состав Семи Королевств, король Дейрон II Таргариен и дорнийский принц Марон Мартелл торжественно возложили золотой венок к статуе Бейлора у Великой септы[11].