Ещё бывает, что у художника манги уникальный стиль, и в аниме его не могут повторить физически: не умеют - на то и уникальный; или слишком сложно и затратно было бы. Скажем, в том же Тригане "ангелы" настолько замарочанные, что в первом аниме их вообще убрали, а во втором просто дали человекоподобные тела.
Ну, и конечно, бывает, что русская озвучка жесть - тут невольно мангу читать приходится.)