То, как он помнит штурм и прочие обстоятельства - не канон.

Взяли Джонни, записали слепок его сознания с неизвестной точностью, поковырялись в нем, может чето повредили, кинули в микоши, и он там в неизвестно как влияющих на запись условиях хранился.

Так же, не забывайте, что согласно киберпанк Ред, где-то может ходить ещё один Джонни и ещё одна Альт