Вполне возможно, что магию тогда представляли "делом от господа" (ну там, Иисус же тоже несколькими хлебами и рыбами кормил толпу людей, по воде ходил и так далее, а другие тоже получали что-то, взмолившись господу).
Кроме того, та же алхимия и астрология вполне процветали. Гонения на ведьм были раньше, во времена инквизиции. Вот тогда было сложно - даже Хогсмид основал маг, спасавшийся от магглов.