Это спорный момент. При подаче доков на стипендию и грант учитывают не только средний балл в дипломе,но и рекомендации, которые дают научруки. Если рекомендацию пишет никому неизвестный Вася Пупкин, то это не повысит шансы на получение стипендии. А вот в мгу и спбгу преподы все-таки более статусные (в большинстве), чем в средненьких вузиках. И потом, МГУ и СПбГУ входят во всякие рейтинги, а это безусловный плюс. Еще играет роль мотивационное письмо, баллы за международные экзамены, сиви (где как раз могут быть указаны международные поездки).

По моему опыту, дают стипендии либо чувакам из топовых вузов, либо из провинций (для зарубежных вузов только Питер и Москва не провинции).