Страна: Япония
Разработчик: Nintendo EAD
Издатель: Nintendo
Действие игры Spirit Tracks берёт своё начало спустя несколько десятилетий после событий Phantom Hourglass. Линк, обучающийся на машиниста паровоза, прибывает на церемонию, посвящённую окончанию обучения, на которой принцесса Зельда просит его встретиться с ней в её покоях, остерегаясь при этом Канцлера Коула. После встречи Линк узнаёт, что из их мира начали исчезать железные дороги, именуемые Пути духов. Эти дороги представляют собой магические оковы, сдерживающие древнее зло, заточённое под Хайрулом. Чтобы выяснить причину исчезновения железных дорог, они с принцессой отправляется в Башню духов. Однако после того, как Линк и Зельда покидают замок, на них нападает Канцлер Коул и похищает тело принцессы, чтобы использовать её энергию для пробуждения древнего зла. При этом душа Зельды покидает тело, и Линк оказывается одним из немногих, кто может видеть её. Линк и Зельда отправляются в путь, чтобы восстановить Пути духов, помешать планам Канцлера и вернуть душу принцессы в её тело.