Спин-офф серия, действие которой происходит между оригинальной Metroid и Metroid II: Return of Samus. Игры этой серии выполнены в жанре First-Person Adventure (приключение от первого лица). Основное внимание уделяется исследованию мира, сканированию окружения для получения информации о лоре и сражениям. Сюжет вращается вокруг радиоактивного мутагена Фазон (Phazon) и противостояния Самус её тёмному двойнику — Тёмной Самус.

Metroid Prime (2002)
Страна: США
Разработчик: Retro Studios
Издатель: Nintendo
Платформы: Nintendo GameCube, Wii, Nintendo Switch
Ответив на сигнал бедствия с фрегата Космических Пиратов, Самус преследует своего заклятого врага Ридли до планеты Таллон IV. Она обнаруживает, что планета отравлена мутагеном Фазон, оставшимся после падения метеорита. Исследуя руины цивилизации Чозо, Самус узнаёт о источнике Фазона — существе, известном как Метроид Прайм.

Metroid Prime 2: Echoes (2004)
Страна: США
Разработчики: Retro Studios, Nintendo
Издатель: Nintendo
Платформы: Nintendo GameCube, Wii
Галактическая Федерация просит Самус расследовать исчезновение отряда пехотинцев на планете Эфир. Прибыв на место, она обнаруживает, что планета расколота на два измерения: светлое и тёмное. Самус должна помочь выжившей расе Люминотов восстановить энергию своей планеты, сражаясь с ордами тёмных существ Инг и своим двойником, Тёмной Самус, которая родилась после её первой битвы с Метроидом Прайм.

Metroid Prime Pinball (2005)
Страна: Великобритания
Разработчик: Fuse Games
Издатель: Nintendo
Платформа: Nintendo DS
Игра, выполненная в виде пинбола для портативной игровой видеоконсоли Nintendo DS, с использованием графических и сюжетных элементов из игры Metroid Prime.
Игрок должен собрать 12 артефактов Чозо, пройти в Храм Артефактов и в конце концов победить Метроида Прайм в обеих его формах.

Metroid Prime Hunters (2006)
Страна: США
Разработчик: Nintendo Software Technology Corporation
Издатель: Nintendo
Платформа: Nintendo DS
Первая игра в серии Metroid, в которой функциональность боевого корабля Самус расширяется за пределы обычного сохранения игры и восстановления энергии. Впоследствии такая расширенная функциональность была использована и в игре Metroid Prime 3: Corruption. Также в этой игре впервые в серии Самус должна исследовать несколько разных космических миров, а не единственную планету или космическую станцию; здесь же впервые в серии появились дополнительные виды оружия.

Metroid Prime 3: Corruption (2007)
Страна: США
Разработчики: Retro Studios, Nintendo
Издатель: Nintendo
Платформа: Wii
Тёмная Самус возвращается и наносит удар по Галактической Федерации, заражая Самус и других охотников за головами Фазоном. Самус получает новый костюм, позволяющий использовать энергию Фазона, но рискует быть полностью поглощённой им. Она должна посетить несколько планет, чтобы уничтожить семена Фазона (Левиафаны) и раз и навсегда остановить Тёмную Самус.