Сын Ренаты Ремедиос (Меме) и Маурисьо Вавилоньи. Был прислан в дом Буэндиа из монастыря, где его родила Меме, и ограждён от внешнего мира своей бабушкой, Фернандой, которая в попытке скрыть ото всех тайну его происхождения выдумала, что нашла его на реке в корзинке. Она прятала мальчика в ювелирной мастерской полковника Аурелиано три года. Когда он случайно выбежал из своей «камеры», никто в доме, кроме самой Фернанды, не подозревал о его существовании.
По характеру он был очень похож на полковника Аурелиано Буэндию. Был самым начитанным в роду Буэндиа, многое знал, мог поддержать разговор на многие темы.
В детстве вёл дружбу с Хосе Аркадио Вторым, который рассказывал ему правдивую историю расстрела работников банановых плантаций. Пока другие члены семьи приходили и уходили (сначала умерла Урсула, потом — близнецы, через некоторое время Санта София де ла Пьедад навсегда покинула дом Буэндиа, умерла Фернанда, вернулся Хосе Аркадио, его убили, вернулась, в конце концов, Амаранта Урсула), Аурелиано оставался в доме и почти никогда из него не выходил. Все своё детство провёл, читая письмена Мелькиадеса, пытаясь расшифровать его пергаменты, написанные на санскрите. В детстве ему часто являлся Мелькиадес, дававший ему подсказки к своим пергаментам. В книжной лавке учёного каталонца он познакомился с четырьмя приятелями, с которыми у него завязывается тесная дружба, но все четверо вскоре покидают Макондо, видя, что город приходит к непоправимому упадку. Можно сказать, что это они открыли для Аурелиано непознанный им внешний мир, вытащив его из изнурительного изучения трудов Мелькиадеса.
После прибытия из Европы Амаранты Урсулы, он почти сразу влюбляется в неё. Они встречались сначала тайно, но после скорого отъезда её мужа Гастона они смогли любить друг друга открыто. В течение долгого времени они подозревали, что являются сводными братом и сестрой, но не найдя этому никаких документальных доказательств, приняли выдумку Фернанды о младенце, приплывшем по реке в корзинке, как истину. Когда Амаранта умерла после родов, Аурелиано вышел из дому, полный боли из-за гибели возлюбленной. Пропив всю ночь с хозяином салона и не найдя ничьей поддержки, стоя посреди площади, он кричал: «Друзья — не друзья, а паскуды!». Эта фраза — отражение того одиночества и нескончаемой боли, которые врезались в его сердце. Утром, вернувшись в дом, он вспоминает про сына, уже к тому времени съеденного муравьями, и вдруг понимает смысл рукописей Мелькиадеса, и ему сразу стало ясно, что в них описана судьба рода Буэндиа.
Он с лёгкостью начинает расшифровывать пергаменты, как вдруг в Макондо начинается разрушительной силы ураган, стирающий из памяти людей город, как и было предсказано Мелькиадесом, «ибо ветвям рода, приговорённого к ста годам одиночества, не дано повториться на земле».