не знаю, я не слышу в нем негативной коннотации никакой. а в ссср вполне были ученые вне института и завода, и вроде больше даже, чем сейчас. вот те же ран, имли, пушкинский дом, - там же как бы "кабинетные ученые" и обретались вроде как. и выпускали комментированные ПСС, Библиотеку поэта, Гаспаров писал всякую гениальность. Вполне себе кабинетный же гражданин, а сколько от него пользы!