Аноним,
это было формальностью, она хорошо знакома... - дальше по смыслу должно идти противопоставление. У Вас используется сочетание "да и", что по смыслу равно союзу "и". Для получения "да" равнозначного союзу "но" оно должно быть одиноким.)

Сравните:
Присутствие мистера Скотта былО только формальностью, ведь она была хорошо знакома с системой, да Скотти ни за что не позволил бы ей телепортировать капитана на корабль, - у нее еще не было сертификата, подтверждающего успешное прохождение тестов, и по регламенту рядом на случай чрезвычайной ситуации должен был находиться опытный член экипажа, занимающийся телепортациями.

или так:
Присутствие мистера Скотта былО только формальностью, ведь она была хорошо знакома с системой. Но у нее еще не было сертификата, подтверждающего успешное прохождение тестов, и Скотти ни за что не позволил бы ей телепортировать капитана на корабль, да и по регламенту рядом на случай чрезвычайной ситуации должен был находиться опытный член экипажа, занимающийся телепортациями.