А с чего так все завелись? С того, что Гермиона здесь не "положительная"? Ну и что? Все героев по-разному видят.
То, что она память о себе родителям стерла - это значит, что она сочла их существами ниже себя, наподобие животных, за них все решила. Она не имела на это никакого права.
И речь не о том, что они не могут ей это простить. Могут, конечно. Речь не о прощении, а о доверии, которое не так легко восстанавливается. О том, что все уже не будет так, как раньше, в отношениях что-то надломится. Хотя возможно, там и раньше отношения оставляли желать лучшего.
А здесь она, видимо, пытается как-то все восстановить, но у нее это не получается. И кстати, зря она согласилась крестить ребенка - сказала бы "нет, мама, я атеистка". Хотя возможно, это ее согласие обусловлено как раз чувством вины.