Внутри циклов все души (кроме оператора и маркированных) откатываются к исходному состоянию. Это было в тексте.
По завершении... Лично я предполагаю два варианта:
1) Поглощаются Вратами Государя с дальнейшим применением в качестве батареек.
2) Отправляются на глубокую очистку и возвращаются в цикл перерождений (что по сути мало отличимо от полного уничтожения).

А вообще вопрос как бы ниочень. Ведь нам никто не говорил, что они лимитированы или, наоборот, бесконечны. Думаю они вообще обладают свойствами по типу фотонов: и частица и волна; их аналогами. Появляются по требованию (мне не нужно пояснять какому?) и исчезают куда-то после смерти (кстати автор ведь не упоминал, что в его вселенной происходит с душами усопших?).