То есть тот факт, что в последней главе были толпы летающих существ, а стены не мешают птицам летать, вы не заметили? Под землёй уверен стены тоже не на 5 км. уходят.
Достаточно сделать и заранее выпустить несколько "умных" голубей и кротов, как (по сигналу или не получив нужный сигнал в нужное время) начнётся вирусная замена обычных птиц/крыс/животных на созданий Нилборга. Не обнаружите вовремя и придётся воевать с миллиардами мутантов.

Важно понимать что никто не занимался детальным просчётом что Нилбог может, а чего не может. Руководители ПРТ просто спросили у предсказателей "что будет если мы бахнем по Нилбогу из всех калиборов", на что предсказатели хором ответили что "будет очень плохо".

Руководители ПРТ не то чтобы совсем отказались от идеи разбомбить Нилбога, они просто решили отложить решение этой проблемы на потом.
Логично предопложить что также на их решение повлияла Контесса.