PPh3
===потом, тетя Ро говорила, что в Британии около 3000 волшебников, считая магглорожденных и полукровок. ===

Вот здесь я ей не верю. Просто кое-кто не умеет считать. Потому что описанная структура (число заключенных, чиновников, размеры общественных учреждений, количество спортивных команд и т.п) слишком велико для 3 000. Волшебников в Англии больше минимум на порядок, а скорее раз в 20... Хотите - распишу подробнее...
Отсюда кстати подвывод - в Англии есть школы и помимо Хогвартса (хотя Роулинг это отрицает...). Если принять вашу версию о сокращении численности учеников Хогвартса, то этому находится два объяснения. Демографический провал из-за войны и... быть может, популярность Хогвартса падает? Там, ПМСМ, весьма посредственные учителя (Бардак с ЗОТИ, Бинс, Трелони, низок уровень маггловедения, Хагрид так себе... Ну и Снейп...)

===
Сколько из канона известно чистокровных семей? ===
Могу добавить еще ряд фамилий. Макмиланны, Яксли, Флинты и так далее...

===У всех, за исключением Уизли, было по одному, максимум, двое детей. Какие-то были бездетными, а кто-то вообще в брак не вступал --> падение популяции чистокровных волшебников --> подрыв стабильности чистокровного общества изнутри.===
По-моему из древа Блэков следует однозначный вывод. В магической Англии происходит падение рождаемости. Как и в маггловской. Раньше было весьма много семей с тремя детьми. Многие Блэки, Краучи, Прюэтты, Лонгботтомы...
Но рождаемость ныне падает, и, как вы заметили, подрвается стабильность общества.

Alchemist
===Инквизиция не в счет, где-то писалось что многим магам нравилось, как их сжигают на кострах, и они многократно сдавались инквизиторам, то есть фактически в средние века жгли только магглов.===
Это промаггловская пропаганда (мол, магглов нечего бояться).
1) Ведьм жли в самом конце Средневековья, большей частью в Новое время. И в основном - не инквизиция.
2) Перед допросом веддьму раздевали догола (чтобы она не достала из одежды какую-либо колдовскую штуковину) и даже уничтожали всю растительность на теле. Пронести палочку нереально.

slayerpro
===Лучше вообще не с родственниками, чем дальше друг от друга муж и жена в генетическом плане тем лучше, это позволит произвести более здоровое и жизнеспособное потомство.===
Я с этим не спорю :) Просто утверждаю, что брак с Джинни серьезных последствий не принесет (кстати, нужно учесть что мать Гарри принесла много свежей крови... ). Это если на протяжении нескольких поколений потомки Гарри будут брачеваться с Лонгботтами, Малфоями, Люпинами и Уизли, то да, вылезут проблемы...

===Итого меньше 20 чистокровных фамилий на всю Англию===

Больше, гораздо больше... Я выше привел три чистокровныз фамилии. которые сходу вспомнил...

===К тому же если Хогвартс не единственная в Великобритании школа, то какой смысл устраивать турнир трёх волшебников с Шармбатоном и Дурмстрангом?===
Простой. Соревнуются самые престижные школы в своих странах (грубо говоря Хогварт в Англии это местный МГУ или Бауманка). + Традиция.