На самом деле произошло с ним вот что (в сериале это открывает в самом конце этой сюжетной ветки, но тут мне лучше сразу объяснить). У нас в каноне есть телепаты, они, помимо прочего, могут провернуть штуку с перепрограмированием личности. В подсознание вживляется новая личность, о существовании которой реципиент не осведомлен, но которая может выползать наружу по ночам и стучать инициаторам этой петрушки, а может постепенно и незаметно заменить собой личность настоящую, заблокировав ее на дне сознания. Именно это с Майклом и произошло (а раньше нечто подобное случилось с Талией Винтерс, о чем в своей рефлексии вспоминает Стивен). По событиям Майкл после своего ухода подвизялся частным детективом (то есть со стучать перепрограмировавшие его товарищи просчитались), а его отношения с Джоном по мелочи, но неуклонно портились (это вживленная личность наружу выходила) и в конце концов Майкл сдал его силам противника (в прямом смысле, то есть заманил в ловушку и лично поймал). После чего те, кто его перепрограмировал, стерли эту вживленную личность и вернули его собственную обратно (там для этого были отдельные причины, но если еще и про это рассказывать, вообще трактат будет :)) ). В общем, Майкл "пришел в себя" охренел от того, что натворил (конечно, это вроде как не он, - но все же он) и ломанулся спасать Шеридана. Для чего связался с местным, марсианским, штабом сопротивления. Но те в его историю, разумеется, не поверили и собирались его просто грохнуть. И Стивен тоже сначала не поверил (об этом он в своей рефлексии тоже вспоминает), но в последний момент (вот буквально за секунду до выстрела) передумал и решил дать Майклу шанс доказать, что тот говорит правду (шансом была Лита, которая неоправданно сильный телепат и может пробиться через блокировку его памяти о случившемся). После чего они вместе пошли вытаскивать Шеридана из тюряги. Таймлайн фика - вот буквально тот самый час после того, как они его вытащили и возвращаются в штаб.

В общем, это я все к тому, что предатели тут оба. Формально и по канону, конечно, Майкл (он таки сдал Шеридана, и от этого его потом еще целый сезон будет колбасить до красных чертиков), но про это и в каноне немало, а я писала больше ради ощущений Стивена. Который поверил, что Майкл способен вот на такую гадость (то есть в каком-то смысле тоже его предал). Так что тут перетекание субстанции в субстанцию, некая зеркальность их (Стивена и Майкла) личных ситуаций. В общем, как-то так :)

Боюсь, сумбурно получилось, но тут реально масштабная сюжетная каноничная арка (Вавилон - не просто сериал. а роман для телевидения, у него, помимо законченного сюжета каждой серии, есть и огромный арочный, через весь сериал идущий сюжет).