Сомневаюсь, что его не нашли, скорее не искали.
Верховный чародей Дамблдор, аврор Грюм, возможно председатель Визенгамота Крауч-старший нуждались в безопасной базе для Ордена Феникса.
Искать манор просто некому, все о нем и так знали и регулярно в нем бывали.
А если и нашли. Ну, последний раз бывали в нем при живой Вальбурге, по делам ее сыновей. К Сириусу и Ругулусу материальных исков нет, а лишний раз копаться в имуществе темной семьи дураков не нашлось. Ушли. А когда Блек бежал, Скримджер направил Кингсли посмотреть в маноре, тот "посмотрел" и доложил - Блек, вероятно, в Тибете. Ну, в Тибете, так в Тибете.
P.S. Кстати, член отряда Винса Эрни Макмиллан, почти наверняка, троюродный брат Сириуса Блека и, если особняк на Гриммо действительно родовое гнездо, то его отец там мог нередко бывать в гостях у своего брата.