А он с детства отличается особой сообразительностью. Точно узнает. И о Гонтах, и о себе, и, вероятно, даже о модернизированном хроновороте. Думаю, где-то между 14 и 24 годами Том выяснит детали и начнёт действовать - так или иначе. Не в вакууме же они будут жить? В зависимости от воспитательных методов Северуса в целом и от отдельно принятых решений в частности личность Тома претерпит некоторые... изменения, скажем так (по сравнению с канонным вариантом). Но какие-то особенности просто врождённые, да и три года в приюте бесследно не пройдут. Он найдёт свою историю, я верю в это. А вот какие выводы сделает... это уже другой вопрос.
Школа магии (не обязательно Хогвартс, можно даже обучение на дому, но знания есть знания, рано или поздно Том научится ДУМАТЬ), слухи и сплетни, уроки той же ментальной магии от "дражайшего папочки" (с последующей практикой на любителях собирать слухи и сплетничать), проявления парселтанга... мало ли зацепок? Визит в приют, остатки документов, волшебники-старожилы из числа помнящих Гонтов. Феноменальное внешнее сходство Тома с Реддлами из Литтл-Хенглтона (пусть даже выясненное по памяти магглов, если со старшим поколением к моменту интереса Тома что-нибудь случится). Следы останутся в любом случае, а уж Волдеморт (пускай и несостоявшийся) искать умеет...