Можно предположить, что ретранслятор находится не возле самой базы, а на некотором отдалении, поэтому Нормандия и уходит в сверхсвет. Ну а координаты его могла и СУЗИ определить где-нибудь за кадром. А то что при входе в систему Коллекционеров Норму выбросило не у ретранслятора списать на особые технологии жнецов, позволяющие выбрасывать корабль в чётко заданную точку (им же всё таки миллионы лет или около того).