Я думаю потому, что у Гарри произошли сильные перемены в мировосприятии, и его новая модель поведения не вписалась в ожидания Гермионы. Она идеалистка, которая делит мир на чёрное и белое, и Гарри, вдруг оказавшийся серым, разочаровал прежние представления о нём как её друге.

К тому же вокруг него, несмотря ни на что, люди формировали образ героя магической Британии и ждали определённых действий, присущих героям. И она тоже, хоть и знала про некоторые "загоны" Поттера, подсознательно от него этого ждала. А Гарри... он просто забил на всё это, преследуя какие-то свои цели. И эта его отстранённость от животрепещущих для Гермионы и не только проблем также создала эффект разочарования в нём.