>— Поняла! — сообщила она. — Глоток из самой маленькой бутылочки даст нам возможность пройти вперед, к камню.
>Гарри взглянул на крошечную бутылочку.
>— Но здесь хватит только на одного из нас, — заметил он. — Здесь только на один глоток.

Т.е. там бутылочка такая крошечная, что в нее помещается только один глоток.
Шахматы могли и сами расставиться :) Волшебные, в конце концов. А вот с флакончиком номер не проходит: если бы он наполнялся по новой - Гермиона увидела бы это и прошла следом за Гарри.