Геркулесовна
Кстати, я не вполне исключаю эту теорию. Так как Дамблдор был удивлён когда увидел патронуса Снейпа.

Да и Снейп так играл, что сомнения могут быть обоснованными. Единственное что, я думаю он надеялся, что не ошибся. И как мы уже знаем Снейп бы даже на эмоциях не предал Дамблдора, не только из-за него самого, а потому что после смерти Лили он не мог быть в рядах Пожирателей добровольно. Вот никак. Вне зависимости от того, что там могло произойти между ним и Дамблдором. Он слишком винил себя, чтобы вернутся обратно.

Как мы знаем Дамблдор тоже не непогрешим и при всей своей гениальности делал ошибки. В том числе и в оценке людей.

Однако мне хочется верить, что со временем у них установились более близкие отношения. Все же все эти годы Дамблдор был единственным кто знал о Снейпе все и перед кем он мог снимать маску.

Не сразу конечно. Вспомните что ему сказал Дамблдор, когда он впервые пришел к нему умолять спасти Лили? "Вы мне отвратительны". Вся прелесть, если слово вообще уместно, что тут происходит развитие и моральный рост персонажа с течением времени. Поэтому и Снейп не сразу изменился, хотя та ночь смерти Лили была не только спусковым крючком, но и моментом когда он осознал бОльшую часть того что он творил и что происходит. А вот остальные изменения произошли со временем. И также укоренились. Постепенно.

И как вы сами ответили на свой вопрос - доверял ли он ему или нет - у Снейпа и тут была свобода выбора. На самом деле вопреки тому, что Дамблдора часто выставляют манипулятором, он всегда давал людям выбор. Только направляя их(пусть и жестко), но не ограничивая в собственных ключевых решениях.

(Спорный вопрос с просьбой об убийстве, но тут у меня свои, еще не вполне оформившиеся, представления.)