"Не много "напрягло" разделение магии,а точнее ее использования.Получается Гарри даже "Сектумсемпру" применить не сможет?"

Я думаю, тут не столько со способностью применения заклинания связано (магически), а сколько с принятием самой сущности данной магии.

Вспомните, как канонный Гарри (тоже во многом светлый и наивный) в ГП и ПП использовал "Сектумсепру" только из-за приписки "от врагов". Он даже не удосужился разобраться, темное это заклинание или нейтральное. Для него было главное победить врага = зло.

Гарри пока еще невинный и наивный ребенок, затюканный родственниками, и потому (до пробуждения крестража)готов был тянуться к любой ласке. Его исходная ментальность, еще не "испорченная" жаждой славы/мести/могущества, предательством близких людей, изначально была именно светлой, с идеалами добра и справедливости, лишенная всякого цинизма и прагматизма, который, скорее, характерен для темных.

Есть вероятность, что Гарри благодаря крестражу станет более хитрым, осторожным, расчетливым, приобретя таким образом "темные", слизеринские качества. И вот тут могут быть два варианта: или в крестраже будут постепенно просыпаться знания, соответствующие темной стороне, или же они для него навсегда останутся утерянными (пока Гарри случайно на какую-нибудь книгу не натолкнется случайно или неслучайно); иными словами, уровень знаний крестража о магии останется на том уровне, каким он был на момент пробуждения при условии принятия ментальностью Гарри.