Чашу Хельги он вручил ей еще в прошлой части, когда они вместе в Гринготс ходили)
А Том.. он же приснился ей, и так и должно быть - сюрреализм и загадочность)
Его душа вроде бы и по канону никуда не пропадала - просто пряталась в хоркруксас.